Ured za reviziju institucija Federacije Bosne i Hercegovine već godinama ukazuje na problem isplata naknada za zaposlenike federalnih ministarstava.
Naime, isplate nisu u skladu sa Uredbom Vlade FBiH koja određuje da se naknade isplaćuju samo za rad koji je izvan radnog vremena. Također, revizori su utvrdilida su dodatne naknade isplaćene iako se radi o redovnim aktivnostima zaposlenika za koji uredno primaju plate.Nadalje, ministarstva ne postupaju u skladu sa Uredbom čak ni kod imenovanja komisija. Iako je Uredbom jasno definisano da jedna osoba može biti imenovana za predsjedavajućeg ili člana u najviše dva stalna radna tijela, jedan od zaposlenika ministarstava u 2018. godini bio je angažovan u čak 49 radnih tijela, te je primio dodatne naknade u vrijednosti od 27.505 KM na godišnjem nivou.
Također, kršenje Uredbe nastavljeno je u 2019. godini gdje su pojedini zaposlenici bili angažovani u 11 radnih tijela, te je za njihov rad u komisijama pored redovnih plata pojedinačno isplaćeno 30.049 KM.U izvještaju Ureda za reviziju institucija FBiH već godinama se ponavljaju preporuke za ministarstva kako bi isplate naknada za rad u komisijama i radnim tijelima bile u skladu sa Uredbom, međutim ministarstva nastavljaju višegodišnje ponavljanje utvrđenih nepravilnosti. Tim povodom, Centri civilnih inicijativa (CCI) pozivaju federalna ministarstva da isprave nepravilnosti sukladno revizorskim izvještajima ida za angažovanje i rad u komisijama dosljedno primjenjuju Uredbuo načinu osnivanja i utvrđivanju visine naknade za rad radnih tijela osnovanih od strane Vlade FBiH i rukovoditelja federalnih organa državne službe.U svrhu transparentnijeg trošenja budžetskih sredstava, ministarstva moraju preispitati opravdanost isplata naknda zaposlenicima po osnovu rada u komisijama za poslove iz nadležnosti ministarstva, jasno utvrditi proceduru učešća u komisijama za vrijeme radnog vremena i angažovanje zaposlenika organizovati propisno Uredbi Vlade FBiH.